La explicacion esta hecha con Ubuntu, pero serviria para cualquier linux. Las instrucciones son identicas en Debian. por lo que vamos a ello.

Si tienes un disco que no arranca con sectores dañados, o crees que es asi, lo primer que tenemos que saber es cuales son esos sectores dañados y si lo estan de verdad.

Para ello nos vamos a  Aplicaciones>utilidad de discos. (en mi caso uso Gnome Shell, para los que useis unity o prefirais usar la consola se trata de ejecutar la aplicacion de gestion de Discos Duros, en consola seria Parted en Gnome Clasic Gparted).

Ahora seleccionamos el disco sospechoso de tener problemas y le damos a ver los datos SMART

Si os da problemas y es el disco de Sistema debereis arrancar con un liveCD o un LiveUSB. si no es el del sistema podeis hacerlo Abriendo una Terminal.

Podeis ejecutar fsck, a veces con esto basta.

$ sudo fsck -c -y -v /dev/"la particion o disco dañado"

A continuacion os dejo la nomenglatura y lo que significan los parametros de FSCK.

fsck [-opciones] /dev/hdXXX (o sdXXX)

Opciones:
-a confirmar automáticamente. No recomendado.
-c comprobar bloques en el disco.
-f forzar el chequeo aunque todo parezca ok.
-v (verbose) despliega más información.
-r Modo interactivo. Espera nuestra respuesta.
-y asume yes de respuesta.


Ahora podemos hacerlo con badblocks, que para mi gusto aunque tarda mas, solventa mejor los problemas en especial si el disco esta con bastantes sectores dañados.

Al igual que antes podemos abrir una terminal o si es el disco de arranque iniciar con un liveCD o liveUSB. entramos en una terminal y ejecutamos lo siguiente.

$ sudo badblocks -s -v -n -f /dev/"la particion o disco dañado"
 
A continuacion os dejo la nomenglatura y lo que significan los parametros de BADBLOCKS.

-s: Nos muestra el proceso de escaneo del disco, mostrandonos los sectores ya chequeados.

-n: Nos pone en modo no destructivo, esto signifca que se recuperaran los sectores dañados y la informacion del Disco Duro no se borrará ni sera dañada.

-f: Repara los sectores dañados.

Badblocks tiene mas paramentros, si os interesan simplemente escribid en consola "man badblocks" y os aparecera el manual con todos y cada uno de ellos. 

OJO con usar el parametro -w, este borraria el disco entero.